各级环境保护行政主管部门针对水域使用功能、经济发展及污染物总量控制的要求,将水域划分为管理功能区、混合区、过渡区等管理单元。水环境功能分区(国家环境保护总局,2002 )是为执行《中华人民共和国水污染防治法》和《地表水环境质量标准》,由环境保护部门主导进行的水环境功能区划，主要是从水环境保护的角度对与水体水质相关的使用功能进行的区划。水环境功能区与水环境质量相对应,是保证地表水质标准、污水综合排放标准、区域环境综合治理、总量控制及环境目标责任制正确实施的基础,是水环境保护与管理的一项基本工作。从 1988 年开始,中国地表水环境质量标准从 GB3838-83 的水域分级管理过渡到水域分类管理,确定了高功能水域高标准保护、低功能水域低标准保护的基本思想。伴随水污染防治工作的开展和地表水环境质量标准的实施,由国家环保总局牵头的全国各省、自治区、直辖市水环境功能区划工作逐步展开。水环境功能分区的区划依据为《地表水环境质量标准》(GB3838 -2002) 《自然保护区类型及级别划分原则》(GB/T 14529-1996)、《生活饮用水卫生标准》(GB5749-85)、《渔业水质标准》(GB11607-89)和《地下水质量标准》(GB14848-93 )。适用于按《地表水环境质量标准》划分的工~V类的水环境功能区、混合区、过渡区,不适用于没有水环境功能的季节性水域。采用5级区划,分为八大类:自然保护区、饮用水水源保护区、渔业用水区、工业用水区、农业用水区、景观娱乐用水区、混合区及过渡区。

水环境功能分区首先对社会需求进行划分,根据社会需求的分区分级类型对水体进行区划，目标明确,方便管理。但是该分区方案仅仅将人类需求作为水环境功能分区的基础,将水环境化学质量作为水生态系统管理的目标,忽略了河流生态系统其他组分特征及其相互之间的有机联系,如没有考虑水生生物的生态需水量及人类活动对河流生境的影响,缺乏从水生态系统整体性对水资源进行系统管理和保护。