随着中国经济的发展和人民生活水平的提高,民众对居住环境的要求越来越高，同时国家对流域水环境的质量要求也越来越高。在此背景下,常规的污水排放空制管理和流域水环境管理将从水历向水生态系统功能管理转恋,要从目前的水陆并行管理向水、陆综合管理转变。“水生态功能区划”正是在这种背景下提出来的,作为实施流域水生态系统功能管理的空间单元,将成为指导中国国民经济发展和水生态环境改善的关键。与此同时,水生态功能分区将成为水环境功能区划的基础,为水环境功能区划提供生态背景信息 结合人类社会经济需求对水体的生态功能进行分区、分类、分期管理。

流域水生态功能区划的目的是反映流域水生态系统在不同空间尺度下的分布格局,与一般意义上的自然地理分区、生态分区、水文分区和水环境分区等不同流域水生态功能分区要重多考虑到自然因素与河流生态系统类型之间的因果关系,力图通过不同尺度下的地形、气候、水文及地貌类型等要素来反映水生态系统的基本特征,包括生产力水平、水生生物物种的组成等。